KIR organizuje transport (przewóz) dokumentów rozliczeniowych i odpowiada za zawinione opóźnienia i błędy w wymianie dokumentów rozliczeniowych i realizacji innych czynności w ramach rozrachunków międzybankowych. Przesyłki transportowane między dwoma punktami są pakowane w worki, które stanowią jednostkę ładunkową dla kuriera. Sieć kurierów regionalnych zapewnia po odebraniu przesyłek z BRIR-ów około godz. 11.30 dotarcie do najdalszego oddziału, doręczenie przesyłek i odebranie przesyłek z oddziału oraz doręczenie tychże w BRIR do godz. 18.00. KIR zapewnia przewóz przesyłek między najdalszymi BRIR w godzinach nocnych (od 19.00 do 9.00). W normalnych warunkach pogodowych wymiana zleceń płatniczych między jednostkami uczestników izby, niezależnie od odległości, trwa nie dłużej niż 24 godziny. W celu zapewnienia sprawnego i punktualnego transportu dokumentów, a w konsekwencji rozrachunku, regulamin KIR wprowadza godzinowy harmonogram obiegu dokumentów płatniczych. Na przykład oddział wysyłający dokumenty powinien je dostarczyć do BRIR w godz. 15.00- 18.00. Pomiędzy godz. 19.00 a 9.00 następnego dnia następuje sortowanie pakietów w BRIR oraz wspomniany wyżej ich transport itd.
Przystąpienie do rozrachunków międzybankowych w systemie ELIKSIR wymaga zawarcia z KIR umowy i przyjęcia do obowiązkowego stosowania odrębnego regulaminu usług elektronicznej izby rozliczeniowej. W umowie uczestnicy rozrachunków (banki) zobowiązują się traktować zapisy magnetyczne na równi z czekami i poleceniami przelewu, a także uznają, że mogą one stanowić podstawę sporządzania wtórnych dokumentów. Zlecenia płatnicze w tym systemie muszą być elektronicznie podpisane. Podpis elektroniczny (cyfrowy) jest składany w postaci teletransmitowanego ciągu znaków identyfikujących jednoznacznie nadawcę wydanej dyspozycji płatniczej.
Szczegółowe zasady operowania kluczami (szyframi), przy pomocy których składa się i weryfikuje podpisy elektroniczne, udostępniane są w trybie poufnym przez KIR. Ponadto banki zobowiązują się do właściwego zabezpieczania posiadanych urządzeń, zwłaszcza urządzeń kryptograficznych. Należy podkreślić, że przy informatyzacji operacji bankowych konieczne jest zabezpieczenie dostępu do zbiorów danych reprezentujących pieniądz bankowy, podobnie jak zabezpiecza się pieniądz gotówkowy w operacjach kasowo-skarbcowych.
KIR odpowiada za prawidłową rejestrację wierzytelności uczestników, które wynikają z dokumentów rozliczeniowych oraz za prawidłowe kompensowanie wierzytelności, które zarejestrowano w danym dniu. Ma ona obowiązek terminowego przedstawiania bankom rezultatów tej kompensaty oraz kierowania do NBP zleceń obciążenia i uznania wynikami kompensaty rachunków bieżących jej uczestników w NBP.
Usługi KIR są odpłatne, a regulamin przewiduje odpłatność za rozliczanie zleceń płatniczych w równej wysokości dla wysyłającego i otrzymującego zlecenie jednostką kalkulacyjną jest pojedynczy dokument rozliczeniowy.
